Shinganshina est tombée et une grande partie de l'humanité s'est réfugiée derrière le mur Rose.
Shingeki no Kyojin - Lost Girls suit la relation entre les nouvelles recrues de la 104ème session d'entrainement Mikasa Ackerman et Annie Leonhart.
Aoi et Shûsei reprennent leur facétieuse cohabitation, mais cette fois, la jeune fille a pris conscience de ses sentiments.
Après avoir volé un baiser à Aoi et l’avoir poussée à jouer avec les sentiments de Shûsei...